微生物・感染免疫解析学分野は、2018年度組織改組に伴って「生体防御検査学分野」が「免疫病態検査学分野」及び「分子病原体検査学分野」に分離後、2023年4月に再統合して誕生しました。現在、当分野は下記の研究室で構成されています。
微生物学領域 齋藤研
（Microbiology, Saito lab）
- 薬剤耐性菌の進化的動態
Evolutionary dynamics of multidrug-resistant bacteria - 環境微生物叢と薬剤耐性の動態・相互作用
Environmental microbiome dynamics and interactions for antimicrobial resistance transmission - 細菌の環境適応
Bacterial adaptations in different environments - 感染症起因微生物の迅速同定・遺伝子型別
Development of molecular and bacteriological methods for rapid identification and typing of pathogens
上記テーマを中心としてメタゲノム解析やトランスクリプトーム解析等の技術を駆使し、地球規模の公衆衛生対策を必要とする感染症の拡散抑止や発症メカニズム解明を目指すほか、それらの研究を推進できる人材育成に取組んでいます。また、本学のガーナ大学野口記念医学研究所海外研究拠点を軸とした国際共同研究のほか、国内の医療施設や国立感染症研究所等とも共同研究を行っています。
感染免疫学領域 田中研
（Immunology, Tanaka lab）
- 移植後日和見感染症に対する多ウイルス特異的免疫細胞療法に関する研究
Multi-virus-specific T-cell therapy for post-transplant infections - HTLV-1関連疾患におけるウイルス特異的細胞傷害性T細胞の解析
Virus-specific cytotoxic T-cells in HTLV-1-associated diseases - CXCR4分子拮抗薬を用いた造血幹細胞動員メカニズムについての研究
Hematopoietic stem cell mobilization via CXCR4 antagonists - 造血幹細胞移植、CAR-T細胞療法後の免疫再構築およびウイルス感染症に関する検討
Immune reconstitution after HSCT and CAR-T therapy
以上のテーマについて、本学の小児科および血液内科との共同研究に加え、慶應義塾大学輸血・細胞療法センターを中心とした多施設共同研究を実施している。